三格化糞池由三個(gè)連通池組成，中間由過糞管連接。 它主要采用厭氧發(fā)酵，中層過糞和蟲卵易于沉淀的原理，糞便在池中經(jīng)過30多個(gè)天的發(fā)酵和分解，中層糞液依次由一池流至3池，以沉淀或殺死糞便中的寄生卵和腸道致病細(xì)菌，第三池糞液成為優(yōu)良化肥。

一般來說，通常三格化糞池污水首先由進(jìn)水口排到一格，新鮮糞便由進(jìn)糞口進(jìn)入一池，池內(nèi)比重較大的固體物及蟲卵等物沉淀下來，利用池水中的厭氧細(xì)菌開始初步的發(fā)酵分解，因比重不同糞液可自然分為三層，上層為糊狀糞皮，下層為塊狀或顆狀糞渣，中層為比較澄清的糞液。上部肥料和下部肥料包含最多的細(xì)菌和寄生卵，中間層包含的蟲卵少。 來自初始發(fā)酵的中間發(fā)酵液通過肥料管溢流到第二個(gè)池中，并且大部分肥料沒有被完全發(fā)酵，就會將殘?jiān)３衷谠摮刂幸岳^續(xù)發(fā)酵。

三格化糞池經(jīng)過初步分解過程流入第二個(gè)隔間，而頂部漂浮的糞皮和沉積在底部的沉積物僅保留在一個(gè)隔間中以繼續(xù)發(fā)酵。 在第二格柵中，糞液繼續(xù)發(fā)酵和分解，蟲卵繼續(xù)下沉，病原體逐漸死亡，糞液進(jìn)一步無害化，糞皮和殘留物的厚度明顯減少 。

流入三格化糞池第三格的糞液一般已經(jīng)腐熟，其中病菌和蟲卵已基本殺滅。第三格功能主要起暫時(shí)儲存沉淀已基本無害的糞液作用，經(jīng)過再次沉淀的糞液通過排水管流入市政管網(wǎng)。