三格化糞池由三個連通池組成，中間由過糞管連接。 它主要采用厭氧發酵，中層過糞和蟲卵易于沉淀的原理，糞便在池中經過30多個天的發酵和分解，中層糞液依次由一池流至3池，以沉淀或殺死糞便中的寄生卵和腸道致病細菌，第三池糞液成為優良化肥。

一般來說，通常三格化糞池污水首先由進水口排到一格，新鮮糞便由進糞口進入一池，池內比重較大的固體物及蟲卵等物沉淀下來，利用池水中的厭氧細菌開始初步的發酵分解，因比重不同糞液可自然分為三層，上層為糊狀糞皮，下層為塊狀或顆狀糞渣，中層為比較澄清的糞液。上部肥料和下部肥料包含最多的細菌和寄生卵，中間層包含的蟲卵少。 來自初始發酵的中間發酵液通過肥料管溢流到第二個池中，并且大部分肥料沒有被完全發酵，就會將殘渣保持在該池中以繼續發酵。

三格化糞池經過初步分解過程流入第二個隔間，而頂部漂浮的糞皮和沉積在底部的沉積物僅保留在一個隔間中以繼續發酵。 在第二格柵中，糞液繼續發酵和分解，蟲卵繼續下沉，病原體逐漸死亡，糞液進一步無害化，糞皮和殘留物的厚度明顯減少 。

流入三格化糞池第三格的糞液一般已經腐熟，其中病菌和蟲卵已基本殺滅。第三格功能主要起暫時儲存沉淀已基本無害的糞液作用，經過再次沉淀的糞液通過排水管流入市政管網。